Das Universitätsklinikum Schleswig-Holstein (UKSH) in Kiel sucht eine engagierte PhD-Studentin oder einen PostDoc-Forscher in Bioinformatik, der sich auf die computergestützte Analyse hochdimensionaler Single-Cell-Sequenzierungsdaten spezialisiert hat. Die Stelle liegt in einer internationalen Forschungsgruppe, die sich mit chronisch-entzündlichen Erkrankungen und der Charakterisierung antigen-spezifischer CD4+ T-Zellen befasst. Bewerber entwickeln eigenständige Forschungsprojekte und arbeiten eng mit experimentellen Wissenschaftlern an der Integration von scRNA-seq-, TCR- und ATAC-Sequenzierungsdaten. Die Position ist auf zwei Jahre befristet, mit der Möglichkeit einer Verlängerung, und startet am 1. Februar 2027. Das UKSH bietet eine herausragende technische Infrastruktur für multidimensionale Flow-Zytometrie und Next-Generation-Sequencing sowie ein unterstützendes, internationales Team.
Das Universitätsklinikum Schleswig-Holstein (UKSH) vereint Spitzenforschung auf internationaler Ebene mit interdisziplinärer Patientenversorgung. Als einziger Vollversorger und größter Arbeitgeber des Bundeslandes Schleswig-Holstein beschäftigt das UKSH rund 17.500 Mitarbeitende, die eine hochindividualisierte Versorgung sicherstellen. Mit Standorten in Kiel und Lübeck zählt das Klinikum zu den größten medizinischen Zentren Europas und garantiert eine medizintechnische Versorgung auf höchstem Niveau – insbesondere für Patientinnen und Patienten, die eine hochdifferenzierte Diagnostik und Therapie benötigen.
Unsere Forschungsgruppe entwickelt neuartige diagnostische und therapeutische Strategien für chronisch-entzündliche Erkrankungen, darunter Darmerkrankungen, Leber-, Lungen- und Hauterkrankungen. Wir untersuchen zelluläre und molekulare Mechanismen der Immunregulation und setzen modernste Technologien ein, um humane Immunzellen umfassend zu charakterisieren – mit besonderem Fokus auf antigen-spezifische CD4+ T-Zellen. Ein zentrales Anliegen ist die Integration hochdimensionaler Single-Cell- und Immurrepertoire-Daten: Wir kombinieren die Anreicherung seltener antigen-spezifischer CD4+ T-Zellen mit multidimensionaler Flow-Zytometrie, Single-Cell-RNA-Sequenzierung, TCR-Sequenzierung und ATAC-Sequenzierung, um Zellzustände, Differenzierung, Klonalität und Regulationsmechanismen in Gesundheit und Krankheit zu entschlüsseln.
Ihre Aufgaben
Als PhD-Student oder PostDoc in Bioinformatik werden Sie ein zentraler Bestandteil unserer Forschungsgruppe. Sie entwickeln und führen eigenständige Forschungsprojekte aus und tragen aktiv zu einem breiten Spektrum kollaborativer Projekte bei. Ihr Schwerpunkt liegt auf der computergestützten Analyse, Integration und Interpretation hochdimensionaler Sequenzierungsdaten, insbesondere:
- Analysen von Single-Cell-RNA-Sequenzierungs-, TCR-Sequenzierungs- und ATAC-Sequenzierungsdaten
- Integration transkriptomischer, TCR-, epigenetischer und Flow-Zytometrie-Daten zur Charakterisierung von Immunzell-Zuständen und Regulationsmechanismen
- Entwicklung und Anwendung reproduzierbarer Bioinformatik-Workflows und Analyse-Pipelines, einschließlich Datenvisualisierung und -interpretation
- Aktive Mitwirkung an vielfältigen Kooperationsprojekten innerhalb der Gruppe, darunter Planung und Gestaltung computergestützter Analysen in enger Zusammenarbeit mit experimentellen Wissenschaftlern
Beginn im Team
Starten Sie in unserem Team ab dem 1. Februar 2027. Die Position ist zunächst auf zwei Jahre befristet, mit der Möglichkeit einer Verlängerung. Wir freuen uns darauf, Sie mit all Ihren Fähigkeiten und Ihrem Engagement in unserem Team willkommen zu heißen.
Was wir bieten
- Vergütung nach dem deutschen Tarifvertrag TV-L (E13, PhD-Student 65 %, PostDoc 100 %)
- Vollzeitstelle, derzeit 38,5 Stunden/Woche; Teilzeitbeschäftigung ist innerhalb bestimmter Arbeitszeitmodelle möglich
- Ausgezeichnete technische Infrastruktur für multidimensionale Flow-Zytometrie und Next-Generation-Sequencing am Institut für Medizinische Immunologie und am Center of Molecular Biosciences (ZMB)
- Weitere attraktive Benefits des UKSH finden Sie auf der Website ( uksh .de... [Vollständig anzeigen] ... [Vollständig anzeigen] )
Was Sie erwartet
- Eine faszinierende Forschungsumgebung zur Untersuchung grundlegender Prozesse menschlicher Immunreaktionen mit direkten Implikationen für immunvermittelte Erkrankungen
- Systematische Einarbeitung zur eigenständigen Arbeit in einem anspruchsvollen und vielfältigen Forschungsfeld
- Die Möglichkeit, in einem engagierten, unterstützenden und internationalen Forschungsteam zu arbeiten
- Ein umfassendes Pool an sophisticated Methoden und komplexen Laborinstrumenten
Was Sie mitbringen
- Universitätsabschluss (Master oder vergleichbar) in Bioinformatik, Computational Biology, Biologie, Biostatistik, Data Science oder einem verwandten Fachgebiet; für PostDoc-Positionen ein abgeschlossener Doktortitel erforderlich
- Ausgeprägtes Interesse an Single-Cell-Omics, Immunologie und computergestützter Analyse biologischer Daten
- Erfahrung mit Next-Generation-Sequencing-Technologien (z. B. scRNA-seq, TCR-seq oder ATAC-seq) von Vorteil
- Gute Programmierkenntnisse in R und/oder Python, einschließlich Entwicklung, Anpassung und Dokumentation computergestützter Workflows
- Hohes Maß an Engagement, Eigenständigkeit, Organisationsfähigkeit und Verantwortungsbewusstsein sowie starke Kommunikationsfähigkeiten in Englisch und die Fähigkeit, effektiv mit experimentellen und klinischen Teams zusammenzuarbeiten
Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung (Lebenslauf, Motivationsschreiben mit Angabe von Forschungs- und Karriereinteressen, Kopien der Abschlusszeugnisse und zwei Empfehlungsschreiben) bis zum 29.10.2026. Bitte geben Sie die Stellennummer 29445 an.