🧬 Werde Software Developer (m/w/d) bei Deutsches Krebsforschungszentrum in Heidelberg!

Referenznummer: 2025-0194

• Heidelberg
• Vollzeit
• Omics IT and Data Management Core Facility (ODCF)

"Forschung für ein Leben ohne Krebs" ist unsere Mission am Deutschen Krebsforschungszentrum. Wir untersuchen, wie Krebs entsteht, identifizieren Krebsrisikofaktoren und suchen nach neuen Strategien zur Krebsprävention. Wir entwickeln neue Methoden, mit denen Tumore präziser diagnostiziert und Krebspatienten erfolgreicher behandelt werden können. Jeder Beitrag zählt – ob in Forschung, Verwaltung oder Infrastruktur. Das macht unsere tägliche Arbeit so sinnvoll und spannend.

Die Omics IT & Data Management Core Facility des Deutschen Krebsforschungszentrums (DKFZ) bietet automatisierte Workflow-Analysen und Datenmanagement von Forschungs- und Patientendaten, einschließlich Daten aus klinischen Studien.

Zur Verstärkung unseres Teams suchen wir zum nächstmöglichen Zeitpunkt einen

IHRE AUFGABEN

Wir suchen einen erfahrenen Softwareentwickler für die Schnittstelle der beiden im Haus entwickelten Open-Source-Anwendungen WESkit (https://gitlab.com/one-touch-pipeline/weskit) und OTP (https://gitlab.com/one-touch-pipeline/otp). WESkit ist ein Workflow Execution Service (https://github.com/ga4gh/workflow-execution-service-schemas) und übermittelt bioinformatische Workflows, die mit Snakemake oder Nextflow implementiert wurden, in unseren High-Throughput-Cluster. Die One Touch Pipeline (OTP) ist ein Metadatenmanagement- und Workflow-Orchestrierungssystem, das auf biologische High-Throughput-Daten spezialisiert ist. Die Stakeholder dieser Systeme sind Datenmanager, Biologen und Bioinformatiker, Projektmanager und Systemadministratoren.

Ihr kurzfristiges Ziel wird es sein, WESkit auf Produktionsniveau zu entwickeln und als Backend-Service für OTP zu etablieren. Sie arbeiten in einem kleinen, verteilten Team an der Implementierung der letzten fehlenden Funktionen von WESkit. In Heidelberg unterstützen Sie das OTP-Team bei der Bereitstellung und dem Betrieb von WESkit und finden gemeinsam Lösungen für auftretende Probleme.

Langfristig arbeiten Sie weiterhin mit dem OTP-Team am Betrieb von WESkit und passen es an sich ändernde Anforderungen an. Zusätzlich können Sie Ihre Softwareentwicklungsexpertise in andere Forschungssoftwareprojekte einbringen. Je nach Ihren Kenntnissen und Interessen sowie unseren Bedürfnissen kann dies die Arbeit an einem der verschiedenen internen (einschließlich Open-Source-) Projekte umfassen, wie z. B. Datenbereitstellungs-, Analyse-Services und Workflows.

IHR PROFIL

Ihr Profil (Erforderlich):

• Gute Englischkenntnisse (entsprechend CERF B2 oder besser); Deutschkenntnisse sind nicht erforderlich, aber von Vorteil
• Ein Universitätsabschluss (einschließlich Fachhochschulabschluss) in Informatik oder einem verwandten Fachgebiet
• Die Fähigkeit, mit verschiedenen Stakeholdern zu kommunizieren, um ihre Probleme zu lösen
• Bereitschaft, Legacy-Software zu warten und zu verbessern
• Die Fähigkeit, neue Technologien schnell zu verstehen und effektiv in die Anwendung zu bringen
• Erfahrung im Schreiben von Software in Produktionsqualität (z. B. Testen, Continuous Integration)

Technische Fähigkeiten (Erforderlich):

• Python (einschließlich Typed Python mit Mypy), Celery, Flask
• Container-Technologien, insbesondere Docker und Apptainer
• Grundlegende Erfahrungen mit High-Throughput-Clustersystemen, wie z. B. IBM LSF oder SLURM
• Erfahrung mit LINUX

Bonus Skills:

• Softwaredesign und -architektur
• Erfahrung im bioinformatischen Bereich, z. B. mit bioinformatischen Workflow-Managementsystemen wie Snakemake und Nextflow
• Erfahrung in einem regulierten Kontext (z. B. IEC 62304, ISO 15189)

WIR BIETEN

HABEN WIR IHR INTERESSE GEWECKT?

Dann werden Sie Teil des DKFZ und tragen Sie mit uns zu einem Leben ohne Krebs bei!